Il Museo propone diversi percorsi, appassionanti itinerari alla scoperta dell'Arte e della Storia di Venezia:
- il primo si snoda lungo l'Ala Napoleonica, ottocentesca sede di re e imperatori, nelle sontuose Sale Neoclassiche che ospitano una notevole collezione di opere del massimo scultore dell'epoca, Antonio Canova (1757-1822)
- poi si passa alle Procuratie Nuove, ideate dall'architetto Vincenzo Scamozzi (1552-1616), in cui risiedevano le maggiori magistrature della Serenissima. Qui, nelle ampie sale sono illustrati diversi aspetti della Civiltà Veneziana, dalla vita quotidiana a quella delle istituzioni, dalle imprese marinare alle feste cittadine;
- vi è inoltre inoltre l'esposizione delle collezioni d'arte antica, che trovano poi ampio spazio al secondo piano, dove è ospitata la splendida quadreria che raccoglie importanti capolavori dell'arte veneta dalle origini al Cinquecento.